Das BioNet.RUB sieht eine übergeordnete zentrale IT-Struktur bei dezentraler Probenlagerung in den kooperierenden Kliniken vor.

Unter der Koordination des BioNet.RUB sollen die schon bereits existierenden Biomaterialsammlungen sowie geplante Sammlungen durch standardisierte Prozesse, eine einheitliche Einverständniserklärung und gemeinsame Kerndatensätze in das Gesamtkonzept als dezentrale Probenbank integriert werden.

Die Proben- und Datengewinnung wird in den kooperierenden Kliniken durchgeführt. Die medizinischen und probenanalytischen Daten werden nach zentraler Pseudonymisierung auf zentralen Servern, getrennt von den personenidentifizierenden Daten, gespeichert.
Das BioNet.RUB stellt die technischen und organisatorischen Grundlagen für die übergeordnete IT-Struktur bereit. Dazu gehören eine webbasierte Biobanksoftware, das Identitätsmanagement und zentrale Datenbankserver.

Das Institut für Pathologie nimmt als dezentrale Gewebebank eine Sonderstellung ein, da die Patientenakquirierung mit Datengewinnung in der probengewinnenden Trägerklinik stattfindet. Für die Entscheidung über die Freigabe der Proben wird ein Review Board hinzugezogen.

Das BioNet.RUB ist eine Zentrale Betriebseinheit der Medizinischen Fakultät. Träger und damit Verantwortlicher Verarbeiter für personenbezogene Daten nach DSGVO Artikel 4 ist die Ruhr-Universität Bochum als Körperschaft des öffentlichen Rechts. Betreiber ist die Medizinische Fakultät der RUB. Sie stellt die finanziellen Mittel für die Implementierung, die Wartung und den Betrieb der Server und die Personalkosten sowie für die Büroräume der Mitarbeiter des BioNet.RUB zur Verfügung. Die Verwaltung regelt der Fakultätsrat. Die fachliche und operative Organisation und Führung des BioNet.RUB wird durch die Leitung (Biobank Manager) übernommen.